Одной из первых была провозглашена Приднестровская Молдавская Республика на территории Молдавии. В состав республики (площадь территории 3569 км²) вошли Григориопольский, Дубоссарский, Каменский, Рыбницкий и Слободзейский районы Молдавии и г. Бендеры, численность населения — около 660 тыс. человек.

Эта территория в течении ХХ в. несколько раз «меняла» хозяев. После Гражданской войны 1918 г. была частью Советской Украины, с 1924 г. входила в Молдавскую Автономную Советскую Социалистическую Республику (МАССР) с центром сначала в Балте (ныне — город в Одесской области Украины), а с 1929 г. в Тирасполе, где численно преобладали украинцы (почти 50%) и молдаване (около 30%). В 1940 г. после присоединения Бессарабии к СССР и образования Молдавской ССР часть территории прежней автономной республики отошла к Украинской ССР, а часть (практически территория нынешней Приднестровской Республики) — к Молдавской ССР.

В 1992 г. противостояние Приднестровской Республики и Республики Молдавии переросло в настоящую войну.

В настоящее время выполняется подписанное в 1997 г. соглашение между Молдавией и Приднестровьем о нахождении в рамках общего государства в границах Молдавской ССР (на январь 1990 г.).

Гагаузская Республика с центром в г. Комрат и численностью населения около 200 тыс. человек провозглашена в 1990 г. на юге Молдавской ССР как протест малочисленной этнической группы — гагаузов (потомков православных переселенцев из Болгарии, бежавших в Россию во время Русско-турецких войн XVIII—XIX вв.) против намерения руководства Молдавии присоединиться к Румынии. Республика состоит из четырех анклавов общей площадью 1,8 тыс. км². Переговоры с правительством Молдавии привели к признанию прав гагаузов на определенную автономию и права на самоопределение в случае потери Молдавией своей государственности. По реформе административно-территориального деления 1998 г. Гагаузия имеет статус «территориальной автономной единицы».