Идея создания оперы по одноименной повести А.С. Пушкина принадлежит И.А. Всеволожскому, бывшему в 80-е годы директором казённых (на современном языке - государственных) театров. Он лично обратился к Петру Ильичу Чайковскому, в то время уже известному автору оперы на пушкинский сюжет "Евгений Онегин" (1879). И.А. Всеволожскому хотелось увидеть в новой постановке "красивое зрелище из минувшего века". Видимо, относительная близость времени действия в повести несколько смущала царского сановника. Предложение обрадовало и несколько озадачило композитора, но за работу он взялся. Автором либретто к опере стал его младший брат, драматург и литературный критик Модест Ильич Чайковский. Модест Ильич пересылал Петру Ильичу, жившему тогда в Италии, новые части либретто, которые, в основном, полностью принимались композитором. В текст либретто, кроме своих текстов, Модест Ильич включил стихи русских поэтов ХVIII века, таких например, как Г.Р. Державин и П.М. Карабанов, а также В.А. Жуковский и К.Н. Батюшков, перевод стихотворения А. Мюссе, ставший знаменитым ариозо "Я имени её не знаю". Петр Ильич сам написал для либретто песню "Ну-ка, светик Машенька", заключительный хор интермедии "Блистает солнце красное" и ариозо Лизы "Вся истомилась, устала я..." и очень переживал, говоря, "я решительно не поэт". В либретто вошло и стихотворение Пушкина "Так в ненастные дни".
       Большое внимание тексту либретто будущей оперы уделял сам Всеволожский. По его настоятельной рекомендации действие было перенесено в ХVIII век и придуман новый конец печальной повести. Модест Ильич писал об этом брату: "Всеволожский настаивает на утоплении Лизы. Мне жестокость Всеволожского в этом случае ужасно не по нутру, а впрочем, как ты хочешь". Композитор не стал спорить с директором императорских театров. В результате получилось либретто в традициях оперного театра уже уходящего века. Главный герой из Германна (у Пушкина это немецкая фамилия) превратился в Германа (это имя, которое встречается у русских), страдающего влюблённого, мечтающего о разгадке трёх карт, которая сделает его счастливым. Бедная воспитанница Лиза, мечтающая о счастливой любви, не находит её. Конец ужасен: графиня умирает, не выдав тайны. Лиза бросается в реку. Герман сходит с ума и кончает с собой.
       Музыка оперы была написана за несколько месяцев. Её первых постановок в 1890 году в Мариинском театре Петербурга и в 1891 году в Большом театре Москвы было достаточно для того, чтобы и критика, и зрители поняли: русская опера обогатилась классическим произведением.