В рукописи трагедия была озаглавлена: "Комедия о царе Борисе и Гришке Отрепьеве". Замысел трагедии возник у Пушкина по прочтении двух томов (X и XI) "Истории государства Российского" Н.М. Карамзина, вышедших в марте 1824 года и содержавших историю царствования Фёдора Иоанновича, Бориса Годунова, Фёдора Годунова и Дмитрия Самозванца. Прежде чем начать трагедию, он конспективно изложил события, рассказанные в "Истории государства Российского".
       Пушкин приступил к работе над "Борисом Годуновым" в ноябре - декабре 1824 года. Трагедия была окончена 7 ноября 1825 года. Пушкин писал в иносказательной форме П.А. Вяземскому сразу после окончания трагедии: "Жуковский говорит, что царь меня простит за трагедию - навряд, мой милый. Хоть она и в хорошем духе писана, да никак не мог упрятать всех моих ушей под колпак юродивого. Торчат!". По приезде в Москву в 1826 году Пушкин читал трагедию друзьям. А.Х. Бенкендорф, узнав об этих чтениях, затребовал у Пушкина рукопись трагедии. Трагедия была передана на рассмотрение Ф. Булгарину, который написал отзыв о ней и сделал из нее выписки. Записка Булгарина была представлена Николаю I, который наложил на неё резолюцию: "Я считаю, что цель г. Пушкина была бы выполнена, если б с нужным очищением переделал комедию свою в историческую повесть или роман наподобие Вальтер Скотта". Резолюция эта, подсказанная замечаниями Булгарина, была сообщена Пушкину 14 декабря 1826 года. В ответ на неё Пушкин отказался переделать своё произведение.
       Из трагедии в печати появились только отрывки: сцена в келье - в журнале "Московский вестник" (1 января 1827), "Граница литовская" - в альманахе "Северные цветы" на 1828 год (22 декабря 1827) и две первые сцены трагедии - в альманахе "Денница" на 1830 год (9 января 1830).
       В 1829 году, перед отъездом на Кавказ, Пушкин стал снова хлопотать о разрешении напечатать трагедию, поручив это дело В.А. Жуковскому. 10 октября 1829 года он получил отрицательный ответ, однако с указанием, что если будут исправлены некоторые места трагедии, то можно будет снова представить её для доклада Николаю I. В 1830 году Пушкин в связи с женитьбой снова обратился к Бенкендорфу с просьбой о разрешении печатать "Бориса Годунова", на что 28 апреля Бенкендорф сообщил Пушкину о разрешении печатать трагедию "под его собственной ответственностью". Издание вышло в свет в конце декабря 1830 года (с датой издания 1831). По просьбе дочерей Карамзина Пушкин посвятил издание памяти историка. Издание это печаталось в отсутствие Пушкина под наблюдением Жуковского, которому принадлежат и некоторые переделки и сокращения цензурного порядка. Наиболее существенные изменения, внесенные в печатное издание, - отсутствие сцены "Девичье поле. Новодевичий монастырь", а также цензурные сокращения и изменения, особенно в сценах "Равнина близ Новгорода-Северского" и "Площадь перед собором в Москве". Кроме того, в рукописи заключением всей пьесы вместо ремарки "Народ безмолвствует" было: Народ. Да здравствует царь Дмитрий Иванович!
       Трагедия "Борис Годунов" была поставлена на сцене драматического театра только в 1870 году, а в 1874 году состоялась премьера одноимённой оперы М.П. Мусоргского.